La concession de la ligne Bordeaux-Agen- méditerranée à été obtenue par la compagnie du midi fondée en 1945 par les frères Pereire.
La gare d’agen se trouve au lieu dit Lafaige, situé entre l’église Sainte Foy avant sa démolition et la disparition du cimetière, le canal et la route d’Agen – Villeneuve. A Agen la voie ferrée est sur la rive gauche du canal et longe les boulevards Sylvain Dumont et Scaliger percés pour l’occasion sous Napoléon III .
Le premier train partit devant , une foule importante, de la gare d’Agen en direction de Bordeaux le 28 mai 1856. L’inauguration officielle de la gare et de la ligne Bordeaux-Sète eut lieu 1 ans plus tard en Avril 1857.

Une ligne Agen-Paris est ouverte par la compagnie Paris-Orléans. Entre 1864-1866 la couverture métallique fut mise en place au dessus des voies; Elle est l’œuvre de Gustave Eiffel. Dans les années 1886-1887 la façade est agrandie en la dotant de deux ailes latérales atteignant ainsi une longueur de 100m.

 

Puis les 2 compagnies seront unifiées en 1934 avant d’être intégré à la SNCF nouvellement créer le 1er janvier 1938, date de l’entrée en vigueur de la convention du 31 août 1937 qui permet la création de la SNCF. À partir de cette date, celle-ci se confond pratiquement avec l’histoire des chemins de fer en France, puisque la SNCF reprend la concession de la quasi-totalité du réseau ferré français. En 1981 la façade de la gare d’Agen sera réduite en détruisant les 2 ailes rajoutées entre 1886 et 1887 .

Enfin en janvier 2012 la gare d’Agen et le boulevard Scaliger entre en travaux pour une grande rénovation avec un nouvel espace. l’inauguration de la gare rénové eu lieu en janvier 2014.